1 ноября 2020 г. стартовал проект сотрудничества Петербургского института иудаики и Еврейского музея и Центра толерантности. В рамках проекта предусмотрено научное описание документов, хранящихся в архиве ПИИ, а также фонда библиотеки института. Описания войдут в электронные базы данных Еврейского музея и со временем будут доступны пользователям всего мира в онлайн-режиме.
В архиве ПИИ, насчитывающем свыше 30 тысяч единиц хранения, отложились многие уникальные документы, связанные с историей евреев в Восточной Европе и Средней Азии. Многие из этих документов были получены во время историко-этнографических экспедиций сотрудников института в бывшую «черту оседлости», а также в Бухару, Самарканд, на Северный Кавказ. Имеется в архиве и богатый фонд «отказа», документы которого раскрывают историю борьбы евреев СССР за право репатриации в Израиль в 70 – 80-е гг. ХХ в.
Библиотека ПИИ является крупнейшим в России негосударственным хранилищем книг еврейской тематики, ее фонд насчитывает свыше 35 тысяч непериодических и периодических изданий более чем на 20 языках. В библиотеке имеется коллекция старой и редкой книги, в которой собраны издания на иврите, идише и русском языках XVI – XIX вв. Многие экземпляры этой коллекции уникальны, так как имеют ценные маргиналии и владельческие надписи. Предполагается, что научное описание этих маргиналий станет следующим этапом совместного проекта Еврейского музея и ПИИ.