Циклопептиды — класс веществ, в который входят многие известные антибиотики, противоопухолевые соединения и иммунодепрессанты.
Циклическая структура подобных молекул придаёт им важные физико-химические свойства, позволяющие использовать их в качестве лекарственных препаратов, но с другой стороны — значительно усложняет их обнаружение. Работа по открытию каждого нового соединения раньше растягивалась на долгие годы.
Наконец учёным удалось значительно сократить этот срок. Международная группа под руководством Павла Певзнера, руководителя лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» #СПбГУ, создала новый вычислительный метод, названный CycloNovo.
Программа максимально удобна даже для исследователей с минимальным уровнем компьютерной грамотности. Её можно запустить буквально в пару кликов мышки, а результаты работы посмотреть прямо в интернет-браузере, и ничего дополнительно устанавливать на компьютер не нужно.
Итоги впечатляют: для выявления 400 новых циклопептидов группе Певзнера потребовалось всего несколько дней работы CycloNovo на вычислительном кластере. За это время был обработан гигантский объём экспериментальных данных из образцов микробов и растений, полученных ранее другими учёными и выложенных в открытый доступ.
Первые же применения CycloNovo к реальным данным продемонстрировали его прикладную значимость как инструмента в руках учёных-биологов и уже успели привести к интересным с медицинской точки зрения результатам: проанализировав масс-спектры образцов человеческого кала, учёные нашли 79 возможных кандидатов на роль новых антибиотиков.
Подробности: https://vk.cc/a9xdjg