История вуза ведет отсчет с 1 июля 1944 года: тогда в Челябинске в соответствии с приказом Наркомздрава СССР от 29 июня 1944 года было открыто новое высшее учебное заведение — Челябинский медицинский институт (на базе реэвакуированного Киевского медицинского института). После отъезда киевлян в Челябинске осталось 147 преподавателей и сотрудников. Среди них — 7 докторов медицинских наук, 31 кандидат медицинских наук и 10 аспирантов.
В 2009 году в вузе был открыт факультет довузовской подготовки, который координирует деятельность подготовительных курсов, приемной комиссии и работу с выпускниками школ. В целом итоги этой работы удовлетворительные: в академии стабильно самый высокий конкурс, самые высокие баллы ЕГЭ среди вузов Челябинской области. По итогам мониторинга качества приема в государственные высшие учебные заведения России, который проводится последние 3 года, академия занимала лидирующее положение среди 500 участников. Она — первая среди всех южноуральских вузов, и десятая — среди всех медицинских высших учебных заведений страны, а среди всех вузов Российской Федерации устойчиво входит в топ-тридцать (29-е место).
На факультете послевузовского и дополнительного профессионального образования проводится подготовка по 32 специальностям в интернатуре и по 76 специальностям в ординатуре. На факультете также реализуются следующие программы дополнительного образования по профилю основных профессиональных образовательных программ вуза: повышение квалификации на циклах общего и тематического усовершенствования с приемом квалификационного экзамена; профессиональная переподготовка по длительным (свыше 500 учебных часов) программам по 65 специальностям; обучение в форме стажировки на рабочем месте; специализация и усовершенствование специалистов со средним медицинским образованием.
Важнейшим направлением образовательной политики вуза является совершенствование практической подготовки студентов. Ее основу составляют клиника, клинические базы, центр практических навыков. Созданная в 1992 году на базе медсанчасти треста «Челябметаллургстрой» (ГКБ № 7) клиника с 2005 года — структурное подразделение академии (университета).
Наряду с качественной подготовкой специалистов важнейшим приоритетом университета является наука. Подготовка высококвалифицированных научно-педагогических кадров осуществляется через аспирантуру по 24 специальностям. Открыта докторантура для подготовки докторов медицинских наук по 2 специальностям. Работают 3 диссертационных совета. Университет (ЧелГМА) в 1998 году выступил одним из соучредителей Южно-Уральского научного центра Российской академии медицинских наук.На сегодняшний день педагогический состав университета представлен 740 преподавателями, среди них 157 докторов наук, 390 кандидатов наук. Ученую степень имеют 547 сотрудников, что составляет 73,9 процента. Среди профессорско-преподавательского состава — академик РАМН Ю. М. Захаров, члены-корреспонденты РАМН А. В. Важенин, И. И. Долгушин, В. Л. Коваленко, 9 заслуженных деятелей науки Российской Федерации, заслуженный работник высшей школы Российской Федерации Ю. С. Шамуров, 25 заслуженных врачей Российской Федерации.
В структуре вуза 62 кафедры, Центральная научно-исследовательская лаборатория, НИИ иммунологии, научная библиотека с фондом более 700 000 единиц документов и научных изданий, анатомический музей, издательская служба, центр практических навыков, симуляционный обучающий центр.В соответствии с решением ученого совета вуза на базе ЧелГМА, ЦНИЛ и клиники академии профессор И. И. Долгушин создал НИИ иммунологии с целью координации исследований в области иммунологии и аллергологии, повышения качества научных исследований и внедрения их результатов в практическое здравоохранение.
ЧелГМА выступила одним из соучредителей Южно-Уральского научного центра популяционного здоровья (ЮУЦПЗ) РАМН, созданного в марте 2002 года. Партнерами по сотрудничеству, способствующему развитию основных направлений деятельности ЮУЦПЗ, являются: Государственный научно-исследовательский центр профилактической медицины Минздрава РФ (ГНИЦ МЗ РФ), Университет McGill (Монреаль, Канада), российские и международные центры программы ВОЗ—CINDI (Countrywide Integrated Noncommunicable Disease Intervention).